Având în vedere ca asociatia activeaza la nivelul a doua judete, Alba si Mures, iar activitatea este foarte intensa pentru o mai mare eficienta, au fost înfiintate mai multe filiale, pâna în prezent 15, care au adoptat statutul si actele de reglementare interna a asociatiei mama, dar cu personalitate juridica proprie, precum si un punct de lucru.

Începând cu anul 2003 s-au înfiintat Filiala Filantropia Ortodoxa Reghin, în anul 2004 Filiala Filantropia Ortodoxa Sighisoara si Filiala Filantropia Ortodoxa Târgu Mures, în anul 2005 Filiala Filantropia Ortodoxa Lunca Bradului, în anul 2006 filialele Filantropia Ortodoxa Târnaveni, Ludus, Câmpeni, Târgu Mures – Mureseni, Blaj, Târsa, în anul 2007filialele Socolu de Câmpie, Iernut, Ocna Mures, iar în anul 2008 Sarmasu, Sebes si punctul de lucru Danes-Cris.